Institut for Statskundskab er opdelt i en række afdelinger. Afdelingerne udgør den overordnede struktur for instituttets samlede virksomhed. Her koordineres undervisning, personaleforhold og overordnede forskningsstrategier.
Afdelingsformand: Jakob Tolstrup
Afdelingsformænd: Lotte Bøgh Andersen og Jens Blom-Hansen
Afdelingsformand: Roman Senninger
Afdelingsformand: Nicholas Haas
Afdelingsformand: Morten Brænder
Formand: Troels Bøggild
Centerleder: Carter Walter Bloch